Identification de micro-organismes

L’identification précise de vos micro-organismes, qu’il s’agisse de bactéries, de levures ou de moisissures est le préalable indispensable à toutes vos analyses. SMALTIS vous propose ses solutions d'identification à travers différentes techniques de biologie moléculaire. Les méthodes que nous utilisons étant dépendantes des micro-organismes que vous souhaitez identifier.

Nos méthodes :

          Identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF de Bruker

La spectrométrie de masse est une technique analytique permettant l’identification (genre et espèce) de micro-organismes en quelques minutes. Cette méthode rapide, dépendante des bases de données, est bien adaptée à l’identification de la plupart des bactéries.

SMALTIS a également la possibilité de développer des bases de données spécifiques de vos espèces d’intérêt.

          Identification par Séquençage Sanger

Le Séquençage Sanger est utilisé pour l’identification précise de souches peu décrites, de souches non-cultivables ou pour lesquelles la spectrométrie de masse n’est pas adaptée (levures et moisissures). En fonction des micro-organismes, nous ciblons des gènes spécifiques d’espèces que nous amplifions par PCR et séquençons. L’identification est ensuite réalisée par comparaison des séquences-cibles avec les bases de données internationales.


          Identification par Séquençage haut-débit

Cette méthode peut être utilisée soit à partir d’un micro-organisme isolé soit à partir d’un microbiome, c’est-à-dire un milieu de vie bien défini.

Pour un micro-organisme isolé, la technologie employée (whole genome sequencing) consistera à séquencer l’ensemble du génome permettant à la fois l’identification de l’espèce et l’obtention de sa carte d’identité génétique.

Pour un microbiote (l'ensemble des micro-organismes peuplant un microbiome), la technique utilisée consistera à séquencer l’ensemble des allèles codants pour les sous-unités ribosomale 16S (ARN 16S), marqueurs génétiques les plus connus pour identifier et classer les espèces bactériennes.
 
                                                                                              Demandez un devis

Nos services :

Phénotypage de micro-organismes
Génotypage moléculaire
Evaluation de la résistance aux antibiotiques
Production de facteurs de virulence