Quantification de l'expression génique

L’analyse de l’expression des gènes est fondamentale dans de nombreux domaines de la recherche et permet d’appréhender les changements dynamiques dans une bactérie, une cellule, un tissu ou un organisme. En effet, si le génome est identique dans chacune des cellules d’un organisme donné, les gènes eux peuvent avoir une expression spécifique et différenciée dans le temps (propre à un stade de développement), dans l’espace (propre à un type cellulaire, tissulaire ou organique) et/ou caractéristique d’un état donné (normal, pathologique, en réponse à un stimulus, …). 

SMALTIS vous propose donc d’étudier spécifiquement l’expression de vos gènes en quantifiant le nombre de vos messagers d’intérêt grâce à sa plateforme de PCR en temps Réel.

Suivant vos besoins, nos collaborateurs réaliseront votre projet selon plusieurs étapes :

Etape 1 : Etude de faisabilité

Cette étape comprend une revue de la littérature pour analyser les données déjà existantes et une analyse bio-informatique des séquences d’intérêt. Cela permettra à nos experts :
      - d’identifier des kits de quantification commerciaux existants ou de concevoir et dessiner des primers et des sondes spécifiques (SyberGreen® ou TaqMan®)
      - de déterminer les gènes de ménage (House Keeping Genes)
      - de mettre au point la méthode de qPCR
      - de déterminer les conditions d’amplification optimales
      - de vérifier la spécificité des primers et des sondes
      - de valider le choix des gènes de ménage
Lors de cette étape, l’analyse d’un nombre limité d’échantillons sera également réalisée pour valider la méthode et un rapport d’analyse détaillé et illustré sera rédigé.

Etape 2 : Analyse de routine

Cette étape permettra d’analyser l’ensemble de vos échantillons grâce à la méthode préalablement validée.
Notre plateforme équipée d’un RotorGene 6000 et d’un CFX Connect nous permet de traiter quelques échantillons à plusieurs centaines simultanément.

Exemples de réalisations :

    - Analyse de l’expression de gènes de virulence et de résistance chez des souche de Pseudomonas aeruginosa.
      - Etude de l’effet inducteur des antibiotiques sur l’expression de systèmes d’efflux chez Pseudomonas aeruginosa.
      - Détection d’ADN épisomique dans des échantillons de sang prélevés à l’aide de la technologie PAXGene®.  
      - Analyse de l’expression génique des gènes codant pour les cytokines IL-6, IL-8 et TNFα chez des cellules préalablement infectées par différentes souches bactériennes.
      - Quantification de l’expression de différents transgènes dans des lignées cellulaires eucaryotes.

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Nos services :

PCR & Séquençage
Rolling Circle Amplification